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参考文献是医学论文不可或缺的内容，是构成完整论文的重要组成部分，它是医学论文作者为指明自己的论据和数据出处，为读者提供具体详细的文献信息。医刊汇编译对其主要作用归纳如下：
1.说明作用。说明哪些是自己的研究成果，哪些是他人的研究成果，体现论文作者研究的起点和深度。
2.检索作用。利用文后参考文献进行文献检索，是参考文献直接的用途之一。依据参考文献所提供的检索点，可以使读者扩展检索到大量的相关文献，实现一定意义上的资源共享。
3.交流作用。医学论文写作的终目的是通过传播和交流，到达应用领域，从而实现论文的自身价值。无参考文献的论文等于是一篇孤立的论文，不易被读者发现和引用，因而影响其从研究领域向应用领域的转化。
4.研究作用。利用参考文献可以进行科学情报和文献计量学等研究，探讨学科发展规律。在文献计量学研究中广泛使用的“引文分析法”就是针对文后的参考文献进行分析，即通过参考文献的数量、语种、类型、年代、普赖斯指数、被引频次、自引、核心期刊分布等指标来客观分析论文作者查阅文献量的多少，对已有的研究成果和文献资料的了解和吸收能力，参考文献的结构分布，参考文献的新颖性程度等，为寻找某一学科领域文献的引用规律、核心期刊分布规律、高被引作者群分布规律等提供依据，为读者利用文献提出建议。
5.评价作用。论文的被引用情况反映了某项研究被同行所关注的程度。论文被引用，说明它包含的信息或知识被人利用了，被引用的多少则可看作是对论文学术价值和水平的测度。一般说来，被频繁引用的文献往往是相对有价值的重要文献，比较重要的科技成果，代表较高的学术水平，故被用于科学产出的质量评价。就医学研究的通常情况而言，不参考一定量的文献信息，很难完成一篇高质量的学术论文。
在对医学期刊做引文分析时，通常将参考文献载体分为期刊、图书和特种文献三种类型，其中期刊论文是医学参考文献中主要的类型。与科技期刊论文的整体情况相比，医学期刊出版周期短、信息量大、传递速度快等特点更为突出。医学期刊论文能及时反映出医学发展的新动态，在医学学术交流中具有突出作用。
图书参考文献是仅次于期刊的第二大情报信息源。医学图书通常具有观点成熟，数据可靠等特点，但出版周期相对于医学期刊而言较长，对其利用起到了一定的限制作用。所谓的特种文献，包括研究报告、专利文献、学位论文、技术标准、会议论文、网络信息等类型。
有些医学参考文献引自于大型的国内、国际公开发表的专题会议论文，尽管所占比例较小，但会议论文是科研成果产出除期刊论文以外的一个重要补充，在一定程度上反映了某一专题领域的新进展和研究动向，应予以足够的关注。
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